MEGA 7 是一款来自国外的功能强大的分子进化遗传分析软件，全称叫 Molecular Evolutionary Genetics Analysis（MEGA）。它主要用于分析DNA和蛋白质序列数据，帮助生物学家和科研人员进行进化树推断、序列比对、分子进化速度估计等研究。界面简单直观，操作便捷，适合用于验证进化假说。
新版本的MEGA 7增加了向导式系统，方便识别基因复制事件，并且改进了树资源管理器，可以显示多达100k类群的树。它还支持多种统计方法和强大的视觉工具，比如对齐编辑器、树探索者等，满足不同用户的需求。
对我来说，MEGA 7 是一个非常有用的工具，特别是对于需要进行进化分析的研究人员来说。虽然软件功能强大，但界面设计得很友好，上手并不难。不过，如果想要深入挖掘它的高级功能，可能还需要花时间学习和熟悉各种参数设置。总的来说，它是一个值得推荐的进化树分析软件。
功能特色
1、序列分析
系统发育推论
型号选择
约会和时钟
祖传国家
选择和测试
序列比对
2、统计方法
最大似然
距离方法
普通最小二乘
最大的简约
复合似然
贝叶斯
3、强大的视觉工具
对齐/跟踪编辑器
树探索者
数据探索者
传奇发电机
基因复制向导
时间树向导
MEGA 7教程
1、首先根据提示安装好软件之后，准备需要建树的序列，并将序列保存为fasta格式。
①取一条目标氨基酸序列，在NCBI的blast板块进行下比对：
②将比对结果下载下来保存为fasta格式，如下：
2、打开MEGA7，点击Align--Edit/built Alignment，选择Create a new alignment，点击ok。
3、打开刚刚保存下来的fasta序列，如下：
4、点击Alignment –Align by ClustalW ，选择所有序列，出现下图，参数根据需求修改，在这我们就直接选择默认，点击ok。
5、比对完成后，点击Data –Phylogenetic Analysis，出现下图坐标箭头指向的两个按钮。
6、点击Phylogeny，有5个构建进化树的方法，一般选择MaximumLikehood（最大似然法）、Neighbor-Joining（邻接法）和Minimum-Evolution（最小进化法）方法，在此选择选择Neighbor-Joining（邻接法）建树，出现下图。
7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果，根据自己的需求对树进行修饰。
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